Fils de Ptolémée III Evergète et de Bérénice II, il épousa sa sœur Arsinoé III. Philopator était de caractère colérique et violent, il était secondé par un Grec du nom de Sosibios qui avait déjà servit son père. Sur ces conseils ainsi que ceux de sa maîtresse Agathocleia, il fit assassiner sa sœur Bérénice, son frère Magas ainsi que son oncle Lysimaque.

Antiochus III, roi de Syrie, profita de la situation pour marcher sur les possessions égyptiennes. Il reprit la Coelésyrie sans que Philopator ne le combatte. Lui laissant croire qu’il le redoutait il envoya des émissaires pour lui proposer de signer un traité de paix à Antioche avec des délégations corinthiennes, rhodienne et athéniennes. Profitant de ce répit, il réorganisa son armée en intégrant des égyptiens à coté des Grecs et des mercenaires. Il réunit ainsi une troupe de plus de soixante mille fantassins égyptiens, grecs, perses, crétois, thraces ainsi que des milliers de cavaliers grecs et d’éléphant africain.

Antiochus III marcha alors à sa rencontre et les deux armées s’affrontèrent près de Raphia. Après un début de bataille à l’avantage du syrien, qui ouvrit une brèche dans les lignes égyptienne à l’aide de ses éléphants, une contre-attaque égyptienne mit Antiochus en déroute. Philopator ne poussa pas plus loin son avantage et sa campagne militaire se transforma en voyage d’agrément. Le Pharaon se rendit à Jérusalem sur l’invitation de son gouverneur pendant que son âme damné Sosibios partit signer le traité de paix avec Antiochus III à Antioche.

Ptolémée Philopator mourut à trente neuf ans après une vie toute entière consacré à la luxure, sans se soucier de la nouvelle puissance de Rome en lutte avec Carthage, ni des vues syrienne et macédoniennes sur l’Egypte.