Comment la civilisation du Moyen empire sombra-t-elle ? Les documents sont trop fragmentaires et trop rares pour le savoir. Durant la XIIIe dynastie encore, les pharaons règnent sur le pays tout entier, mais on constate déjà que leur nombre est considérable. Auraient-ils été souvent détrônés par des compétiteurs ? La succession paraît bien ne pas avoir été assurée régulièrement. La XIVe dynastie laisse déjà apparaître un pouvoir morcelé et des royautés ou du moins des principautés multiples, comme à la fin de l’Ancien Empire. Autour de 1720, l’invasion étrangère vient encore accroître l’affaiblissement consécutif à la décomposition politique.
On a d’abord interprété les maigres données qui nous sont parvenues à ce sujet sur le mode épique : une grande invasion de peuples divers sous la conduite de chefs syriens ou palestiniens aurait détruit le royaume égyptien. Ils auraient fondé un grand empire allant de l’Euphrate à la Crète. Aujourd’hui, on a tendance à se limiter à des réalités plus modestes : les Asiatiques, en majorité Amorrites (sémites) selon les uns, Hourrites selon les autres, s’infiltrent dans l’est du Delta. S’appuyant sur des groupes de « collaborateurs », les « chefs de ces hauts-pays-étrangers » (Hyksos , en égyptien) s’emparent du pouvoir et finissent par régner sur toute l’Égypte. Cette seconde version paraît sinon plus sûre du moins plus vraisemblable que la première.

Ces intrus d’ailleurs s’adaptèrent aux coutumes égyptiennes. Ils adoraient Seth qui avait des affinités avec leur Baal, mais aussi Rê, en dépit des assertions des Thébains, qui, plus tard, ont voulu les présenter comme de purs barbares. Les rois dits Hyksos prirent le cartouche et le protocole des rois d’Égypte, même lorsqu’ils portaient des noms purement sémitiques. Malheureusement l’ordre de leur succession n’est pas encore clair, tant les Égyptiens, plus tard, détruisirent leurs monuments. Pourtant il nous est parvenu plusieurs œuvres fort précieuses sur des papyrus copiés de leur temps. Ils ont certainement admiré et imité la civilisation égyptienne, et ont obtenu, sans aucun doute, la collaboration d’un certain nombre d’Égyptiens septentrionaux.

Mais les nomarques thébains, une fois de plus, se dérobèrent d’abord à la suzeraineté des « étrangers », puis tentèrent de les bouter hors d’Égypte, après s’être déclarés seuls pharaons légitimes. La lutte fut dure et Séqénenrê Taô tomba très probablement sur le champ de bataille, le crâne fracassé. Son fils Kamosis reprit la lutte et atteignit Avaris, la capitale des Hyksos, qu’il terrorisa. Il réussit à battre un roi de Kouch (Soudan) qui s’était allié au souverain nordique, intercepta leurs messages – qui passaient par les oasis de l’Ouest – et s’empara de presque toute l’Égypte.

C’est son successeur, Ahmosis Ier, qui prit la ville d’Avaris (autour de 1570) et chassa les derniers étrangers jusqu’en Asie, où il ira les poursuivre. Il est le fondateur de la XVIIIe dynastie. Tout ne fut pas négatif dans ces rapports des Égyptiens et des peuples de l’Asie antérieure : la délicate civilisation égyptienne avait séduit son vainqueur, qui s’était égyptianisé. Mais ce dernier lui avait appris l’art de la guerre : emploi massif du cheval et des chars dans la bataille, création d’une flotte de guerre fluviale, désir d’assurer la sécurité de la frontière nord-est de l’Égypte par une solide marche en Asie.