L’historien grec Hérodote indique que les Egyptiens ont institué la coutume de circoncire leurs enfants mâles pour des raisons hygiéniques. Il est difficile de savoir si l’hygiène seule est à l’origine de cette opération ou si des raisons symboliques ou religieuses ont contraint à la pratiquer. Le fait que des individus non circoncis apparaissent également sur les représentations, semblerait indiquer que cette coutume n’était pas universelle, et aurait pu concerner les enfants des classes élevées de la société égyptienne. Sous le terme de circoncision, il faut envisager deux opérations différentes. La première consiste simplement à inciser : c’est l’incisio ; la seconde consiste à découper le prépuce : c’est la circumcisio. Si la première semble africaine et pratiquée jusqu’au Moyen Empire, la seconde paraît d’origine sémitique : elle s’impose au Nouvel Empire.

L’acte chirurgical, effectué lors d’une cérémonie nommée sebi, est attesté par de rares bas-reliefs préservés dans des mastabas de l’Ancien Empire. L’enfant se tient debout tandis que l’opérateur, accroupi, incise le prépuce à l’aide d’une lame, qui pourrait être en silex. L’opération semble être suivie de l’application d’un onguent (cicatrisant ou apaisant la brûlure de la plaie). La lame utilisée ressemble au couteau rituel des embaumeurs. Le caractère archaïque de cet outillage a poussé certains commentateurs à voir dans cette cérémonie un acte traditionnel purement religieux.

L’acte et la cérémonie semblent accompagner une sorte de rite de passage entre l’adolescence et l’âge adulte. De fait, ce rituel concerne des adolescents âgés de 14 à 15 ans. La momie d’un jeune prince, âgé de 11 ans au moment de son décès, découverte dans la tombe d’Aménophis II, présente un sexe incirconcis alors que ses cheveux sont rassemblés en une natte latérale, signe caractéristique de l’enfant. La circoncision marque ainsi, comme dans les contextes africains, l’entrée de l’adolescent dans le cercle des adultes au moment de la maturité sexuelle.

Un texte inscrit sur une stèle remontant à la Première Période intermédiaire indique que cette cérémonie pouvait être collective puisqu’elle vise un groupe de 120 garçons d’un nome particulier. Au moins à partir de la Troisième Période intermédiaire, les engagements de pureté rituelle pris par les prêtres, les obligeaient à être circoncis. Ce fait même semble impliquer que le rite ne pouvait être appliquer à tous les garçons d’une même classe d’âge. Et même, à l’époque romaine, une interdiction prise à l’encontre de la circoncision semble avoir été promulguée, dont seuls les prêtres pouvaient être exemptés.

Par ailleurs, la circoncision pouvait être considérée comme une marque de reconnaissance ethnique par les Egyptiens. Ces derniers avaient en effet pris l’habitude de décompter sur les champs de bataille les morts ennemis en prélevant sur ces derniers un échantillon anatomique. Sous Ramsès III à Médinet-Habou, il est intéressant de noter que, dans le cas d’Asiatiques circoncis, on prélevait la main droite, alors que pour les Libyens, non circoncis, le sexe est prélevé.

La question de l’excision féminine en Egypte pharaonique a été posée à maintes reprises, en parallèle à celle de la circoncision, mais aucune réponse satisfaisante n’a pu être apportée. En l’absence de momies qui pourrait apporter à ce sujet une preuve décisive, il est impossible d’envisager aujourd’hui son existence en Egypte ancienne.