Les noms des souverains, formés pour le plus grand nombre sur celui de Sobek, le maître du Fayoum - beaucoup portaient le nom de Sobekhotep (" Sobek est satisfait ") - soulignent la continuité de pensée entre les deux dynasties, la XIIIe restant très attaché au Fayoum.
La comparaison s’arrête la. La XIIIe dynastie n’apparaît pas comme une lignée unifiée, ou le pouvoir se transmet de père en fils, mais plutôt comme une succession de familles indépendantes, sans que l’on puisse comprendre comment et pourquoi elles accédèrent tour à tour au pouvoir. Toujours est-il que pas moins d’une soixantaine de souverains régnèrent en douze ans, certains ne restant que quelques semaines sur le trône.
Les XIVe, XVe et XVe dynasties furent-elles toutes Hyksos ?
Si on a du mal à comprendre les faiblesses de la XIIIe dynastie, la XIVe est encore plus mystérieuse. Selon les sources classiques, cette lignée de soixante et seize pharaons, originaire de Xoïs, ville du Delta, aurait gouverné pendant 184 ans. Mais on s’interroge sur le territoire qu’elle contrôlait réellement. Il peut s’agir d’une dynastie parallèle à la XIIIe qui aurait régné sur le Delta avant l’arrivée des Hyksos. Ils adoraient comme eux le dieu Seth d’Avaris et s’était installé dans cette cité. Les fouilles du site ont révélé que ces rois relevaient d’une culture asiatique, différente cependant de celle des Hyksos. Ces derniers, arrivant du nord-est de l’Egypte, allaient en tout cas non seulement chasser la XIVe dynastie mais aussi détrôner la XIIIe dynastie qui résidait à Licht. Un peuple étranger se rendit ainsi maître du double pays pour la première fois. Un certain Salitis fut élu roi immédiatement après l’invasion brutale du pays et fonda ainsi la XVe dynastie. Après avoir élu domicile à Memphis, capitale mythique de l’Egypte, il installa ensuite sa cour à Avaris, dans le Delta. Le pharaon le plus connu de la lignée fut le cinquième, Apophis (ou Apopi), héros de la querelle d’Apophis et de Séqenrê, conte populaire du Nouvel Empire.
On ne retrouve cependant aucune mention de son origine Hyksos dans les documents officiels qui nous sont parvenus, preuve que la XVe dynastie avait fini par adopter les mœurs égyptiennes. La XVIe dynastie qui lui succéda fut-elle aussi Hyksos, mais on n’en connaît pas grand chose hormis quelques noms.
La XVIIe dynastie : Les libérateurs
Alors que la domination Hyksos s’étend sur l’Egypte, à Thèbes->148], de puissants princes rongent leurs freins sous cette domination étrangère. Ils furent considérés par les générations postérieures comme les composants de la XVIIe dynastie, alors que jamais de leur vivant, ils ne portèrent le titre de roi de Haute et Basse Egypte, réservés aux souverains d’Avaris.
On a avancé l’hypothèse qu’ils soient les héritiers de la XIIIe dynastie réfugiés dans leur fief du Sud après la défaite. Mais aucune confirmation n’est venue étayer cette thèse.
La XVIIe dynastie fut, comme la précédente, une succession de familles régnantes. Leur zone d’influence, chapeautée par les Hyksos, se limitait à la région thébaine. Peu à peu ces gouverneurs gagnèrent du terrain vers le nord, et leur pouvoir s’étendit alors jusqu’à Abydos. Les deux derniers représentant de la dynastie, Sequenenrê Taâ - dont la momie au crane fracassé est exposé au musée du Caire - et Kamosis, allèrent plus loin dans la rébellion contre Avaris et enclenchèrent le processus de libération de l’Egypte que la glorieuse XVIIIe dynastie allait mener à bien. Tous deux furent ainsi considérés par leurs victorieux successeurs comme des ancêtres importants et furent révérés en tant que tels. Des allusions à Sequenenrê Taâ se retrouvant encore de nos jours dans les rituels francs-maçons.