Prêtre et professeur à l’Ecole des Hautes Etudes, il fut également un expert de la culture copte. Il conduisit une campagne de fouilles à Abydos, à environ 1,6 kilomètres à l’ouest du temple de Séthi Ier, où il découvrit des chambres funéraires dans le sable contenant des objets portant les noms de rois de la Ire dynastie. Petrie l’accusa auprès de la direction des antiquités égyptiennes, dirigée alors par Gaston Maspero, d’avoir systématiquement saccagé Abydos. De fait, Amélineau s’intéressait surtout aux découvertes de grandes dimensions portant des inscriptions. Il ignora, et parfois même détruisit, les objets en terre cuite particulièrement nombreux dans cette région que les habitants appelaient "Mère des vases".