Les premiers témoignages d’urbanisation dans la vallée du Nil sont contemporains du début de l’unification des principautés qui sont à l’origine de l’État égyptien. Auparavant, les agglomérations du Ve ou du IVe millénaire av. J.-C. qui ont été plus ou moins largement fouillées ne comportent pas les caractéristiques de véritables villes. Ainsi Mérimdé, qui couvrait environ 24 ha, semble avoir été essentiellement formée de huttes ovales espacées, mais alignées de part et d’autre de rues rectilignes. Peu à peu, des quartiers spécialisés, réservés par exemple au stockage des céréales, commencent à rendre compte d’une gestion communautaire des biens de production et de consommation. Le site de Hiérakonpolis, en Haute-Égypte, permet de suivre cette évolution rapide du village à la ville. Celle-ci se manifeste par le regroupement progressif de l’habitat dans la plaine alluviale du Nil au détriment des collines qui subissent une nette désertification, mais également par l’apparition d’une architecture monumentale palatiale, défensive, religieuse et funéraire en brique crue. Les niveaux contemporains de Bouto, l’équivalent de Hiérakonpolis dans le delta, profondément enfouis sous les vestiges plus récents de la ville et sous les eaux de la nappe phréatique, ne peuvent être directement comparés à ceux de la métropole méridionale. Mais la découverte d’éléments décoratifs en forme de clous d’argile colorés et de briques plano-convexes a permis d’établir l’existence de liens entre Bouto et Ourouk.

La « palette des villes », découverte à Hiérakonpolis et contemporaine de la fin de cette période de transition, est considérée comme un témoignage de la volonté politique d’urbanisation des souverains de la dynastie « 0 » qui précède immédiatement la réunion du sud et du nord en un seul pays. L’émergence de l’État contribue considérablement à la constitution de véritables villes pourvues d’édifices importants, aux quartiers bien différenciés, et dotées d’enceintes. La densité de l’occupation dans la vallée du Nil à toutes les époques ne nous permet pas d’accéder librement aux niveaux les plus anciens de ces villes, même lorsqu’ils sont bien conservés, mais plusieurs d’entre elles ont pu être partiellement explorées. C’est le cas d’Éléphantine et d’Abydos notamment. Les nécropoles de certaines de ces villes renferment des cimetières royaux dont les superstructures monumentales sont destinées à les distinguer et à souligner ainsi le caractère divin de la monarchie. Ces nouveaux chantiers de construction nécessitent une main-d’oeuvre croissante qui a dû provoquer un exil rural.