Préhistoire
Les plus anciennes cultures nubiennes n’ont pas laissé de traces écrites, et ne sont pas cités dans les écrit des civilisations alentours. Les plus anciens habitants connus de la Nubie sont les Badariens, suivis des Amratiens puis des Gerzéens, appelées civilisations du "groupe A". Depuis l’installation des Gerzéens, la Nubie a commence réellement à se former - période qui correspond à l’avènement en Égypte de la 1ère dynastie, vers l’an -3100. Les Gerzéens étaient à l’origine un peuple nomade, qui s’installa en Nubie pour devenir éleveurs, s’occupant de moutons, de chèvres et de quelques vaches. Ils sont particuliers par leurs poteries et leurs rites funéraires, très différents de ceux des égyptiens.
La culture gerzéenne déclina aux alentours du XXVIIIe siècle avant l’ère chrétienne succédée par les civilisations dites du "groupe B". On a parfois considéré que les peuples du groupe B avaient envahi la Nubie - on pense aujourd’hui que le groupe B est issu dur groupe A. Ces peuples étaient bien plus pauvres que les précédents, et bien moins nombreux. On suppose donc une attaque ou des pillages, probablement égyptiens, qui auraient provoqué une crise en Nubie.
Avec le commerce en Égypte, la Nubie réussit à acquerir un certain niveau de vie et de stabilité. Autour de la VIe dynastie égyptienne, la Nubie fut divisée en petits royaumes - il y a débat concernant l’appartenance ou non des royaumes à un hypothétique "groupe C". On remarque l’étonnante similitude entre les poteries des anciens du groupe A et celles du groupe C, semblant dénoter soit une nostalgie de ces derniers, soit un retour des premiers. Le désert du Sahara était à cet époque suffisamment invivable pour provoquer l’éxode soudain des peuples nomades qui y résident normalement, se réfugiant alors en partie en Nubie.
Des civilisations du groupe C, le premier à unifier les régions autour de lui fut le Royaume de Kerma - Royaume qui tient son nom de la cité de Kerma que l’on suppose avoir été sa capitale. Après le réveil de l’Égypte sous le nouvel Empire, les troupes égyptiennes se sont étendues au sud. Sous le règne de Thoutmôsis Ier, vers -1520, toute la Nubie du nord était annexée.

Le Royaume de Koush
Au cours de la Troisième période intermédiaire (1085 - 750 av. J. C.), la Nubie recouvrait son indépendance. Se constitua alors dans le bassin du Nil moyen un "empire koushite" qui allait perdurer durant quelque mille ans. Cette période est traditionnellement divisée en deux époques. Celle de Napata qui a duré de 750 à 300 av. J. C. et celle de Méroé qui a duré de -300 à 340 ap. J. C.
Epoque napatéenne
Le royaume de Koush repris beaucoup de pratiques traditionnelles égyptiennes, notamment leur religion, et les pyramides. Le royaume survit plus longtemps que celui d’Égypte, envahissant même ce dernier durant la XXVe dynastie au VIIIe siècle avant l’ère chrétienne. Vers -660 les pharaons koushites sont repoussés vers leur région d’origine la Nubie et forment à Napata un royaume original synthèse des influences nubiennes et egyptiennes. Vers -591, suite à l’expédition de Psammétique II contre Koush, la capitale quitte Napata pour Méroé, au coeur du Soudan nilotique. A ce fait s’était ajouté le durcissement des conditions climatiques ; ce qui reléguait le Nord à des fonctions secondaires.

Epoque Méroïtique
A partir des années 315 - 295 av. J.C., s’accentue la rupture (jamais achevée) d’avec le modèle égyptien. Des traits locaux (nubio-soudanais) affirment leur prépondérance au plan politico-religieux notamment. En effet sous Nastasen (-335 à -315), Méroé ravissait à Napata les dernières grandes fonctions qui lui restaient. C’était celles de lieu de couronnement et d’inhumation des souverains.
C’est dans ce contexte qu’a eu lieu l’avènement des Candaces. Les Candaces étaient des reines exerçant effectivement le pouvoir politique suprême. L’effectivité de leurs statut et fonctions impériaux est traduite par les titres royaux qu’elles portent et qui sont empruntés au protocole pharaonique. Ce sont Sa-Rê, Neb-tawy et n-swt-bit. Elle est traduite par le geste auguste de massacrer les ennemis qui depuis Narmer exprime le triomphe du souverain régnant. Elle trouve aussi un écho dans la Bible.
Durant l’époque romaine les koushites commercaient avec les Romains, et étaient également de redoutés mercenaires. Durant ce temps, les différentes régions se divisèrent en plus petits groupes armés, dirigés par un général. Ils combattirent pour le contrôle de la Nubie, laissant la région faible et vulnérable à toute attaque. Les Noba en profitèrent pour conquérir la Nubie - il est même possible que le nom de la région leur soit due, à moins que "Nubie" vienne du mot égyptien Nub, l’or. Depuis ce temps, les romains les ont appelés Nobatae.
Liste des rois Koushite
– Altanersa (653-643) fils de Taharqa
– Senkamanisken (643-623)
– Anlamani (623-593)
– Aspalta (593-568)
– Armantelqo (568-555)
– Malonaqen (555-542)
– Analmaaye (542-538)
– Amaniastabarqa (538-519)
– ?
– Irike-amanote (431-405), certains chercheurs pensent qu’il a aidé les egyptiens contre l’invasion perse de 404.
– Harsiotef (390-350)
– Nastasen (335-315)
A la fin de son règne les rois de Nubie, font face à une invasion venue du Nord et ils se réfugient plus au Sud à Méroé.
– Arqamani (275–250) il construit de grandes pyramides à Méroé
– Arnekhamani (235–218)
– Candace (Reine) Shanakdakhete (170–150)
– Tanyidamani (110-90)
– Amanikhabale (50-40)
– Candace Amanishakheto (35-20)
– Teriteqas et Candace Amanirenas (24- ?)
– Natekamani et Candace Amanitore (-12/12))

La Nubie Chrétienne
Vers l’an 350, la Nubie fut envahie par le Royaume Éthiopien d’Axoum. L’ancien gouvernement nubien fut écrasé. Trois nouveaux royaumes se formèrent alors :
– La Nobatia, au nord, entre la première et la seconde catacacte du Nil, dont la capitale était Pachoras (aujourd’hui Faras) ;
– La Makuria, au milieu, ayant pour capitale Dongola ;
– L’Alodia, plus au sud, ayant sa capitale à Soba près de Khartoum ;
Le Roi Silko de Nobatia écrivait en grec et grava ses victoire sur le Temple de Talmis (aujourd’hui Kalabsha) vers l’an 500.
Quand Athanasius d’Alexandria consacra Marcus évêque de Philae avant sa mort en 373, montrant par la même occasion la domination chrétienne sur la région au IVe siècle, Jean d’Éphèse nota qu’un prêtre monophysite nommé Julian convertit le Roi et ses nobles vers 545. Il note également que le Royaume d’Alodia fut converti vers 569. Ses écrits sont parfois contradictoires cependant, avec ceux de ses contemporains. L’église de Nubie prêta allégeance à l’Église Orthodoxe Grecque puis, en 719, à l’Église Copte.
Au VIIe siècle, Makuria s’étendit, devenant la principale puissance de la région - assez puissante pour empêcher l’invasion des peuples arabes. Après plusieurs échecs, ces derniers tentèrent un accord de paix avec Dogomba, permettant notamment le commerce entre les deux puissances. Ce traité dura 600 ans. Avec le commerce, la pensée arabe se propagea en Nubie, supplantant rapidement la chrétienté. L’église "royale" de Dongola fut remplacée par une mosquée vers 1350.
Nubie Moderne
Au cours du XIVe siècle, le gouvernement Dongolan s’est effondré, divisant la région qui sombra aux mains de l’Égypte. La Nubie put voir défiler les envahisseurs, et l’installation de nombreux royaumes. L’Égypte s’appropria le nord du pays, laissant le sud à Royaume de Sennar vers le XVIe siècle.
L’Égypte obtint plus tard le contrôle total de la région, sous le règne de Mehemet Ali au XIXe siècle, puis devint un codominium Anglo-Égyptien.
Avec la fin de la colonisation anglaise, la Nubie fut séparée en deux parties, l’une appartenant à l’Égypte, l’autre au Soudan.
Beaucoup de Nubiens d’Égypte durent s’installer près du Lac Nasser après la construction du barrage d’Assouan.