L’Égypte constitue le thème principal du département des Antiquités. Sur les treize salles que compte le département, l’Égypte en occupe neuf. Cette place s’explique par l’importance historique de l’égyptologie à Lyon, animée par des hommes tels que Victor Loret, dont la famille a fait don au musée en 1954 de plus d’un millier d’objets. Dès 1895, le musée du Louvre fournit près de quatre cents objets (vases à onguent, figurines funéraires, etc.) pour constituer le fonds du département ; d’autres objets (vases canopes, éléments de parure, ainsi que des tissus de la nécropole d’Antinoé) complètent ce dépôt quelques années plus tard, augmenté, en 1936, d’objets provenant du village des artisans de Pharaon à Deir el-Médineh.

Les presque deux mille six cents pièces de la collection égyptienne conservées au musée des beaux-arts de Lyon, présentés dans neuf salles, sont exposées suivant un parcours à la fois thématique et chronologique.

Les points forts de la collection sont la vitrine des sarcophages (avec notamment le cercueil d’Isetemkheb, datant de la XXVIe dynastie) et les portes de Ptolémée III et IV du temple de Médamoud, ramenées par le Lyonnais Alexandre Varille en 1939 et offertes au musée par l’Institut d’archéologie orientale. À côté de ces chefs d’œuvres et d’autres pièces exceptionnelles, de nombreux objets donnent un aperçu de la vie quotidienne en Égypte antique.